1997年7月1日，香港回歸祖國。特區政府根據《中華人民共和國香港特別行政區基本法》第二十二條，在1999年3月4日在北京成立辦事處，以進一步加強與中央人民政府及其他省市部門之間的聯繫和溝通。
隨著特區政府在廣東、上海、成都和武漢分別成立經濟貿易辦事處，駐京辦的服務範圍現時集中於華北、東北和西北的10個省、直轄市和自治區，即北京、天津、河北、遼寧、吉林、黑龍江、內蒙古、新疆、甘肅、寧夏。
自成立以來，駐京辦一直擔當香港與內地之間的其中一道重要橋樑。我們除了與中央部委和10個省、市和自治區的政府和非政府機構緊密聯繫，向它們提供有關特區的資料外，也向特區政府匯報內地的最新發展，並在經貿、投資和其他如文化等範疇促進兩地的交流和合作。
隨著兩地人民交往日趨頻密，駐京辦也通過舉辦各種宣傳活動，向服務範圍內的省、市和自治區的民眾介紹香港的最新情況和發展，以加深他們對香港的認識和了解。此外，駐京辦亦與在內地的港人和團體保持緊密聯繫，同時也為在內地遇上困難的香港居民提供實務性的協助。
為加強和深化香港與遼寧省和天津市的聯繫和合作，特區政府分別於2014年12月及2017年2月在瀋陽市和天津市成立隸屬 於駐京辦的駐遼寧聯絡處和駐天津聯絡處。